A la preocupación del Cabildo por tener una casa propia, donde celebrar sus Sesiones, desde 1415, había que añadir la de guardar la documentación que generaban dichas reuniones. Esta constante se ha transmitido a lo largo de la historia y en multitud de ocasiones, como queda patente en los Libros de Actas Capitulares.
Muchos fueron los lugares donde se celebraron reuniones por parte del Cabildo, ya que no poseían una casa en propiedad para estos menesteres, hasta que en 1766 parece ser que se ubicaron definitivamente en el lugar que hoy ocupa nuestro Ayuntamiento, pasando por varias reformas y terminando en la construcción de un nuevo edificio en el año 1985.
La historia de la custodia de la documentación es paralela a de la misma Institución que la genera, y ha experimentado además de los traslados llevados a cabo por las Casas Consistoriales algunos más, desde que en 1985 se decidiera separar la sede del Archivo de la del Ayuntamiento, hasta que en 1998 se estableció definitivamente la ubicación del Archivo Municipal de Baena en C/ Mesones, n°8.
Posteriormente en el año 2015 y debido a la escasez de espacio, el equipo de gobierno decidió dejar esta ubicación para albergar el Archivo Histórico y el Administrativo y habilitar otra sede que ocupa los bajos de la Biblioteca Municipal y donde se encuentra el Archivo Intermedio.
Desde 1984 y gracias a la Diputación de Córdoba, que puso en marcha unas becas para ayudar a los Ayuntamientos de la Provincia a llevar a cabo la dinamización de sus archivos municipales, el Archivo de Baena, que se encontraba en un estado de casi abandono, pudo de esta manera empezar la andadura hasta convertirse, documentalmente, en uno de los más extensos y antiguos de la provincia; concienciando además a los políticos de la época, de que tenían que apostar por dotar al Archivo de personal cualificado para poder desarrollar esta labor.
Actualmente contamos con subvenciones de dicha Diputación Provincial que está haciendo posible un programa de digitalización del fondo histórico, facilitando de esta manera la conservación de los documentos y haciendo posible el acceso a los mismos por medio de la consulta electrónica.
La superficie del Archivo es de 482 metros cuadrados, de los que 410 forman la superficie total del depósito de documentos, de los cuales 2690 metros lineales son armarios compactos donde se ubican las unidades de instalación que conforman nuestros fondos.